Xác thực khuếch đại DNA ở điều kiện đẳng nhiệt thông qua cấu trúc vòng phiên mã ngược (RT-LAMP) trên giấy lọc FTA để sử dụng cho chẩn đoán SARS-CoV-2 ở các điểm nghiên cứu xa xôi tại Miền đông Indonesia

Nhà tài trợ: OUCRU (Quỹ Wellcome)

Nghiên cứu viên chính: Tiến sĩ Suwarti

Cộng tác cùng: 

  • TS. Claus Bogh, Quỹ Sumba
  • Bonifacius, Bệnh viện Karitas
  • Yohanes Niko Santoso P., Bệnh viện Karitas
  • Yacobus B. Da Costa, Bệnh viện Pratama Rada Bolo

Địa điểm nghiên cứu: Bệnh viện Karitas và bệnh viện Pratama Rada Bolo, Sumba, Đông Nusa Tenggara, Indonesia

Địa lý hải đảo của Indonesia trên lãnh thổ hơn 5000 km thực sự thách thức việc kiểm soát đại dịch COVID-19. Bên cạnh đó, năng lực chẩn đoán trong phòng thí nghiệm không đồng đều ở các khu vực xa xôi và dân cư thưa thớt ở các quần đảo phía đông càng làm cho vấn đề trở nên phức tạp hơn. Ví dụ, trong những tháng đầu của đại dịch, ở đảo phía đông Sumba, Đông Nusa Tenggara, cần hơn 30 ngày để khẳng định [tình trạng nhiễm] COVID-19 bằng xét nghiệm RT-PCR. Do trên đảo không có năng lực thực hiện RT-PCR dẫn đến việc cần vận chuyển mẫu qua đường hàng không – lúc này đã bị hạn chế. Chẩn đoán COVID-19 đóng vai trò quan trọng trong việc hỗ trợ điều trị và kiểm soát sự lây truyền của SARS-CoV-2. Tình trạng này cho thấy sự thiếu công bằng trong chẩn đoán sẽ làm chậm hoạt động ứng phó về mặt điều trị và chăm sóc cho bệnh nhân COVID-19 ở đảo Sumba và gây ra các thảm họa trong ứng phó với đại dịch COVID-19 ở những nơi xa xôi.

Hiện tại, xét nghiệm COVID-19 bằng RT-PCR sử dụng mẫu phết dịch mũi họng hoặc dịch hầu họng là tiêu chuẩn vàng trong chẩn đoán. Việc lấy mẫu phết không thoải mái và cần tiếp xúc gần với bệnh nhân, đồng thời đòi hỏi phải có bông tăm chuyên dụng và ống môi trường vận chuyển virus (VTM). Đại dịch và công cụ chẩn đoán ưu tiên duy nhất này đã gây thiếu hụt nghiêm trọng nguồn cung cấp và hóa chất trên toàn cầu. Chuỗi cung ứng vốn đã bấp bênh này càng trở nên trầm trọng hơn ở những nơi như miền đông Indonesia, nơi gần như không có năng lực xét nghiệm RT-PCR và những hạn chế về kỹ thuật, tài chính và hậu cần là những rào cản nghiêm trọng đối với khả năng tiếp cận chẩn đoán COVID-19 kịp thời.

PCR đẳng nhiệt như khuếch đại DNA ở điều kiện đẳng nhiệt thông qua cấu trúc vòng (LAMP) đã và đang nổi lên như một phương pháp thay thế tuyệt vời cho phương pháp RT-PCR. LAMP sở hữu một số ưu điểm cơ bản như khuếch đại ở nhiệt độ không đổi, không cần máy luân nhiệt, kết quả xét nghiệm nhanh hơn và có thể có khả năng chẩn đoán lớn hơn, đồng thời duy trì độ nhạy và độ đặc hiệu tương tự, và do đó sẽ phù hợp hơn RT-PCR trong giám sát đại dịch.

Nghiên cứu nhằm mục đích sử dụng xét nghiệm RT-LAMP ở vùng Sumba, cụ thể là ở quận Tây Nam Sumba để khắc phục tình trạng gần như không có dịch vụ chẩn đoán COVID-19. Theo tính toán của chúng tôi, xét nghiệm này có độ nhạy, độ đặc hiệu, nguồn cung cấp hậu cần độc lập và chi phí tương đối thấp cho mỗi phản ứng (16,5 đô la) – so với chi phí của xét nghiệm RT-PCR (80 đô la cho mỗi xét nghiệm ở Indonesia). Nền tảng RT-LAMP cũng giải phóng sự phụ thuộc của chuỗi cung ứng vào những nhà cung cấp cụ thể, do đó, nguồn cung cấp hậu cần sẽ được kiểm soát.

Mục tiêu:

  • Xác thực hiệu quả chẩn đoán SARS-CoV-2 của RT-LAMP với mẫu nước bọt thu thập từ bệnh nhân đang điều trị sốt tại quận Tây Nam Sumba, đảo Sumba.
  • Xác thực hiệu quả chẩn đoán SARS-CoV-2 với phân tích mẫu nước bọt được thu thập trên giấy lọc FTA và được phân tích tại phòng thí nghiệm RT-LAMP ở Tây Nam Sumba.
  • Mô tả các đặc điểm nhân khẩu học, đặc điểm lâm sàng, các yếu tố nguy cơ của bệnh nặng và đáp ứng điều trị của bệnh nhân được khẳng định mắc COVID-19.