Bối cảnh nghiên cứu

Giải trình tự toàn bộ bộ gen (WGS) dựa trên đờm trực tiếp có thể phát hiện lao kháng thuốc trong 30-40% mẫu. Tuy nhiên, so với giải trình tự toàn bộ bộ gen dựa trên nuôi cấy hoặc kháng sinh đồ (DST), hiệu suất của WGS dựa trên đờm chưa được đánh giá đúng.

FLASH-Mtb có thể giúp cải thiện độ chính xác của việc gọi biến thể liên quan đến kháng thuốc trong các mẫu, ngay cả trong các mẫu có tải lượng Mtb rất thấp. Ngoài ra, phương pháp FLASH linh hoạt để sửa đổi về loại và số lượng mục tiêu quan tâm. Do đó, sự thành công của nghiên cứu thí điểm này có thể giúp phương pháp này sẵn sàng để thử nghiệm tại các bệnh viện hợp tác với chúng tôi ở Hà Nội và TP.HCM.

Mục tiêu

• Để chứng minh rằng trong các mẫu đờm trực tiếp từ bệnh nhân lao, FLASH-Mtb trình tự đích có thể vượt trội so với giải trình tự toàn bộ bộ gen về tỷ lệ phát hiện và độ chính xác trong chẩn đoán tính nhạy cảm với thuốc.
• Để chứng minh rằng FLASH-Mtb của đờm có thể dự đoán độ nhạy với thuốc chính xác như giải trình tự toàn bộ bộ gen và kháng sinh đồ của mẫu cấy của chúng nhưng ở thời điểm sớm hơn nhiều.
• Để chứng minh rằng trong đờm, FLASH-Mtb có thể vượt trội so với xét nghiệm Deeplex thương mại về tỷ lệ phát hiện và chi phí chẩn đoán độ nhạy với thuốc.

Phương pháp

Các mẫu đờm trước khi điều trị của bệnh nhân lao phổi sẽ được sử dụng. Tải lượng vi khuẩn lao sẽ được xác định bằng kính hiển vi và định lượng bằng xét nghiệm tải lượng vi khuẩn phân tử rRNA 16s (MBLA). DNA từ ít nhất 1 ml đờm sẽ được chiết xuất và giải trình tự bằng giải trình tự toàn bộ bộ gen và hai phương pháp giải trình tự nhắm đích là Deeplex và FLASH-Mtb. Vi khuẩn lao từ đờm cũng sẽ được nuôi cấy và các mẫu dương tính sẽ được sử dụng để thực hiện kháng sinh đồ kiểu hình và giải trình tự toàn bộ bộ gen nuôi cấy DNA.