Bối cảnh nghiên cứu

Các phương pháp phòng thí nghiệm tiêu chuẩn hiện tại để xác định bệnh lao đa kháng thuốc (MDR) là xét nghiệm kháng sinh đồ kiểu hình (dựa trên nuôi cấy), đòi hỏi các phòng thí nghiệm chuyên môn và mất 8-12 tuần. Chỉ có hai phòng thí nghiệm ở Việt Nam thực hiện kháng sinh đồ đầy đủ. Việc chẩn đoán không đầy đủ dẫn đến các ca bệnh bị bỏ sót, lây truyền tiếp diễn, bệnh tật, tử vong, và tăng chi phí. Do đó rõ ràng cần có kháng sinh đồ nhanh chóng, chính xác để hướng dẫn điều trị thích hợp.

Đề xuất của chúng tôi giải quyết một câu hỏi bao quát: Liệu Giải trình tự toàn bộ bộ gen (WGS) có thể thay thế các phương pháp hiện tại đối với kháng sinh đồ của bệnh lao đa kháng thuốc (MDR-TB) tại Phòng thí nghiệm tham chiếu quốc gia về bệnh lao của Việt Nam (NRL) hay không?

Mục tiêu

Nghiên cứu này nhằm chứng minh rằng:

• Giải trình tự toàn bộ bộ gen từ vi khuẩn lao (Mtb) được nuôi cấy từ bệnh nhân nghi ngờ lao phổi đa kháng thuốc có thể đưa ra dự đoán độ nhạy cảm với thuốc bậc 2 chính xác và nhanh chóng.
• Giải trình tự toàn bộ bộ gen từ các mẫu đờm có thể cung cấp thông tin tương tự tại thời điểm điều trị sớm hơn nhiều so với Giải trình tự toàn bộ bộ gen từ các chủng phân lập nuôi cấy (đối với cùng một cá nhân).
• Giải trình tự toàn bộ bộ gen mang lại lợi ích kinh tế bằng cách cung cấp chẩn đoán sớm hơn và hỗ trợ các quyết định điều trị cho bệnh lao đa kháng thuốc.

Do đó, chúng tôi sẽ phát triển chuyên môn và năng lực về giải trình tự toàn bộ bộ gen vi khuẩn lao (Mtb) trong phòng thí nghiệm tham chiếu quốc gia về bệnh lao ở Hà Nội. Sau đó, có thể đưa giải trình tự toàn bộ bộ gen vào công việc thông thường trong phòng thí nghiệm sau khi dự án kết thúc.

Thiết kế nghiên cứu

Chúng tôi sẽ tiến hành một nghiên cứu đoàn hệ quan sát tiến cứu về những bệnh nhân lao và kháng rifampicin được phát hiện bởi MTB/RIF Xpert, có mặt tại Bệnh viện Phổi Trung ương, Bệnh viện Phổi Hà Nội và các điểm nghiên cứu khác ở Hà Nội từ tháng 10 năm 2020 đến tháng 12 năm 2022.

Các bệnh nhân được thu tuyển sẽ được phân tích mẫu bệnh phẩm và phân lập (trích xuất DNA và giải trình tự toàn bộ bộ gen) song song với các quy trình chẩn đoán thông thường (phết tế bào kính hiển vi, MTB/RIF Xpert và kháng sinh đồ).

Một phân tích kinh tế y tế sẽ được thực hiện song song để đánh giá chi phí của mỗi quy trình làm việc; thông thường, giải trình tự toàn bộ bộ gen từ nuôi cấy và giải trình tự toàn bộ bộ gen trực tiếp từ mẫu lâm sàng.